চিতলমারী উপজেলা চিত্রা, মধুমতি ও বলেশ্বর নদীর মোহনায় অবস্থিত। এ উপজেলায় তিনটি নদী তারা আবর্তিত।
১। চিত্রা
২। বলেশ্বর
৩। মধুমতি
ইউনিয়ন ওয়ারী খালের তালিকা
বড়বাড়িয়া
১।মধুমতী নদী,
২। খাল
৩। হক ক্যানেল
৪। নালুয়া খাল,
৫। কালনী খাল,
৬। তালগাছিয়া খাল,
৭। বটগাছিয়া খাল,
৮। মরা মধুমতি খাল,
৯। কামজালে খাল,
১০। মেলার খাল,
১১। এসকদার তারাখাল,
১২। কাউয়ার খাল,
১৩। ঘোলা শেখবাড়ী খাল,
১৪। দলুয়াগুনি পুরানহাটখোলা খাল,
১৫। বড়গুনী খাল।
কলাতলা
১। শৈলদাহ কাননচক পর্যন্ত সরু খাল।
২। আমবাড়ী খাল।
৩। পুরানবাড়ী আগাখাল।
৪। বাংলা বাজারখাল
হিজলা
১।বোয়ালিয়া-পরানপুর,
২। শান্তিপুর-পাঙ্গাশিয়া,
৩। চরশৈলদাহ-কুরালতলা,
৪। নালুয়া-শান্তিখালী, বড়বাড়িয়া-হিজলা।
শিবপুর
১। আড়ুয়াবর্নি কলিগাতী খাল
২। শিবপুর বড়খাল
৩। আমবাড়ী খাল
৪। হক ক্যানেল
৫। শিবপুর ছোট খাল
চিতলমারী
১। পাটনীবাড়ী খাল,
২। শিবপুর খাল,
৩। রুইয়ারকুল খাল,
৪। কালশিরার খাল,
৫। বেন্নাবাড়ী খাল,
৬। শ্রীরামপুর খাল
চরবানিয়ারী
১। দারার খাল
২। খাসেরহাট খাল
৩। শরৎখালী
৪। নিসকারী পাড়া
সন্তোষপুর
১। মোহানের খাল।
২। লড়ার খাল।
৩। খাসেরহাট খাল
৪। মরা বলেশ্বর খাল
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস